张国庆,李亦学,王泽峰,赵国屏.生物医学大数据发展的新挑战与趋势[J].中国科学院院刊,2018,33(8):853-860.
生物医学大数据发展的新挑战与趋势
New Challenges and Trends in Bio-Med Big Data
生物医学大数据发展的新挑战与趋势
New Challenges and Trends in Bio-Med Big Data
作者
张国庆
中国科学院计算生物学重点实验室生物医学大数据中心, 中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所, 中国科学院上海生命科学研究院(上海营养与健康研究院), 中国科学院大学 上海 200031;上海生物信息技术研究中心 上 201203
ZHANG Guoqing
Bio-Med Big Data Center, CAS Key Laboratory of Computational Biology, CAS-MPG Partner Institute for Computational Biology, Shanghai Institute of Nutrition and Health, Shanghai Institutes for Biological Sciences, University of Chinese Academy of Sciences, Chinese Academy of Sciences, Shanghai 200031, China;Shanghai Center for Bioinformation Technology, Shanghai 201203, China
李亦学
中国科学院计算生物学重点实验室生物医学大数据中心, 中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所, 中国科学院上海生命科学研究院(上海营养与健康研究院), 中国科学院大学 上海 200031;上海生物信息技术研究中心 上 201203
LI Yixue
Bio-Med Big Data Center, CAS Key Laboratory of Computational Biology, CAS-MPG Partner Institute for Computational Biology, Shanghai Institute of Nutrition and Health, Shanghai Institutes for Biological Sciences, University of Chinese Academy of Sciences, Chinese Academy of Sciences, Shanghai 200031, China;Shanghai Center for Bioinformation Technology, Shanghai 201203, China
王泽峰
中国科学院计算生物学重点实验室生物医学大数据中心, 中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所, 中国科学院上海生命科学研究院(上海营养与健康研究院), 中国科学院大学 上海 200031
WANG Zefeng
Bio-Med Big Data Center, CAS Key Laboratory of Computational Biology, CAS-MPG Partner Institute for Computational Biology, Shanghai Institute of Nutrition and Health, Shanghai Institutes for Biological Sciences, University of Chinese Academy of Sciences, Chinese Academy of Sciences, Shanghai 200031, China
赵国屏
中国科学院计算生物学重点实验室生物医学大数据中心, 中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所, 中国科学院上海生命科学研究院(上海营养与健康研究院), 中国科学院大学 上海 200031
ZHAO Guoping
Bio-Med Big Data Center, CAS Key Laboratory of Computational Biology, CAS-MPG Partner Institute for Computational Biology, Shanghai Institute of Nutrition and Health, Shanghai Institutes for Biological Sciences, University of Chinese Academy of Sciences, Chinese Academy of Sciences, Shanghai 200031, China
中国科学院计算生物学重点实验室生物医学大数据中心, 中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所, 中国科学院上海生命科学研究院(上海营养与健康研究院), 中国科学院大学 上海 200031;上海生物信息技术研究中心 上 201203
ZHANG Guoqing
Bio-Med Big Data Center, CAS Key Laboratory of Computational Biology, CAS-MPG Partner Institute for Computational Biology, Shanghai Institute of Nutrition and Health, Shanghai Institutes for Biological Sciences, University of Chinese Academy of Sciences, Chinese Academy of Sciences, Shanghai 200031, China;Shanghai Center for Bioinformation Technology, Shanghai 201203, China
李亦学
中国科学院计算生物学重点实验室生物医学大数据中心, 中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所, 中国科学院上海生命科学研究院(上海营养与健康研究院), 中国科学院大学 上海 200031;上海生物信息技术研究中心 上 201203
LI Yixue
Bio-Med Big Data Center, CAS Key Laboratory of Computational Biology, CAS-MPG Partner Institute for Computational Biology, Shanghai Institute of Nutrition and Health, Shanghai Institutes for Biological Sciences, University of Chinese Academy of Sciences, Chinese Academy of Sciences, Shanghai 200031, China;Shanghai Center for Bioinformation Technology, Shanghai 201203, China
王泽峰
中国科学院计算生物学重点实验室生物医学大数据中心, 中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所, 中国科学院上海生命科学研究院(上海营养与健康研究院), 中国科学院大学 上海 200031
WANG Zefeng
Bio-Med Big Data Center, CAS Key Laboratory of Computational Biology, CAS-MPG Partner Institute for Computational Biology, Shanghai Institute of Nutrition and Health, Shanghai Institutes for Biological Sciences, University of Chinese Academy of Sciences, Chinese Academy of Sciences, Shanghai 200031, China
赵国屏
中国科学院计算生物学重点实验室生物医学大数据中心, 中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所, 中国科学院上海生命科学研究院(上海营养与健康研究院), 中国科学院大学 上海 200031
ZHAO Guoping
Bio-Med Big Data Center, CAS Key Laboratory of Computational Biology, CAS-MPG Partner Institute for Computational Biology, Shanghai Institute of Nutrition and Health, Shanghai Institutes for Biological Sciences, University of Chinese Academy of Sciences, Chinese Academy of Sciences, Shanghai 200031, China
中文关键词
生物医学;大数据;整合;交互;数据挖掘
中文摘要
生物医学数据从PB量级的组学时代进入到EB量级的多维度大数据时代，引发了生物医学研究向数据密集型的第四科学范式的深刻变革。如何将临床数据与研究数据进行高维度多层次的汇交共享，实现从“组学”到临床与健康人群数据的生物医学大数据的综合管理利用，从而使大数据迅速转化为新知识，成为生物医学大数据所面临的挑战。发展以递交为基础、以整合为导向的数据存储技术，以主题为基础、以交互为导向的数据共享技术，以及以传统信息技术为基础、以前沿信息技术为导向的数据分析挖掘技术，并同时开展标准质控相关研究，是生物医学大数据存储、共享和转化的新思路，也是构建新一代生物医学大数据研究中心的技术关键和未来趋势。
DOI10.16418/j.issn.1000-3045.2018.08.013
作者简介
张国庆 中国科学院上海生命科学研究院生物医学大数据中心副主任,研究员。主要研究领域包括:生物信息学数据库与知识库。长期致力于精准医学、大型人群队列、个性化药物研发、微生物组与合成生物学等领域的组学数据、文献数据和临床数据的整合与挖掘.
E-mail:gqzhang@picb.ac.cn
ZHANG Guoqing Deputy Director and principal investigator of Bio-Med Big Data Center,Shanghai Institutes for Biological Sciences,Chinese Academy of Sciences (CAS).Zhang's main research interest covers bioinformatics database and knowledge base,with focus on the integration and mining of omics data,literature data,and clinical data in the fields such as precision medicine,large population cohort,the development of personalized drug,microbiome,synthetic biology,etc.
E-mail:gqzhang@picb.ac.cn
李亦学 中国科学院上海生命科学研究院生物医学大数据中心主任,研究员。主要研究生物信息学.
E-mail:yxli@sibs.ac.cn
LI Yixue Director and principal investigator of Bio-Med Big Data Center of Shanghai Institutes for Biological Sciences of Chinese Academy of Sciences (CAS).Li's main research interest is bioinformatics.
E-mail:yxli@sibs.ac.cn
E-mail:gqzhang@picb.ac.cn
ZHANG Guoqing Deputy Director and principal investigator of Bio-Med Big Data Center,Shanghai Institutes for Biological Sciences,Chinese Academy of Sciences (CAS).Zhang's main research interest covers bioinformatics database and knowledge base,with focus on the integration and mining of omics data,literature data,and clinical data in the fields such as precision medicine,large population cohort,the development of personalized drug,microbiome,synthetic biology,etc.
E-mail:gqzhang@picb.ac.cn
李亦学 中国科学院上海生命科学研究院生物医学大数据中心主任,研究员。主要研究生物信息学.
E-mail:yxli@sibs.ac.cn
LI Yixue Director and principal investigator of Bio-Med Big Data Center of Shanghai Institutes for Biological Sciences of Chinese Academy of Sciences (CAS).Li's main research interest is bioinformatics.
E-mail:yxli@sibs.ac.cn
